Действие игры "S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти" разворачивается после окончания событий игры "S.T.A.L.K.E.R." и уничтожения Стрелком проекта "О-Сознание". 
Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль. Операция получает кодовое название "Фарватер". Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных. 
Несмотря на тщательную подготовку, операция терпит фиаско. Большинство вертолетов из ударной группы разбивается. 
С целью сбора информации о причинах провала операции, Служба безопасности Украины направляет своего агента в центр Зоны. 
Дальше все зависит от игрока. 

Весна 1945. Ужасы Второй мировой подходят к концу… Советские и немецкие войска сошлись в кровопролитной битве за Берлин. Последняя надежда нацистов — работа по созданию атомной бомбы.
Вы — снайпер-диверсант, заброшенный в Берлин, чтобы уничтожить всех фашистов, имеющих отношение к ядерным секретам, и примкнувших к ним предателей. Замаскировавшись под немецкого пехотинца, вы должны проникнуть на вражеские объекты и, используя свои снайперские и шпионские способности, сорвать планы офицеров СС.

В Городе, погрязшем в хаосе и коррупции, даже герои давно перебрались по ту сторону закона. Прелестная Аня Романова - первоклассный вор, оснащенный по последнему слову техники. Луи Палмер - ее верный друг и незаменимый координатор. Вместе они промышляют искусным воровством. Едва не попавшись на последнем задании, Аня жаждет расквитаться с таинственной шпионкой Breeze, подставившей ее, а заодно и с тем смельчаком, что посмел бросить вызов звездному дуэту