Великий Маг Умойра Властелин Скракан получает «сигналы» с аллода Язес о том, что там замечена магия, подобная той, что когда-то на Умойре использовал Демон. Кроме того, там сменился Великий Маг, им стал Урд, не вызывающий у Скракана доверия. Он посылает в Плагат посланника за добровольцем, готовым отправиться на Язес.Игра начинается с похожего на первую игру выбора персонажа — мужчина или женщина, воин или маг. Персонаж встречается с Скраканом и телепортируется на Язес. Там он знакомится с представителем одного из знатных родов - Иглезом, который в тайне борется за справедливость даже против воли короля. Иглез ему рассказывает о тайне Язеса - Падении трёх звёзд. Потом герои выручают из беды волшебницу Дайну. Втроём они выясняют истинную ситуацию на Язесе.

Anno 1701 переносит игроков в самое начало XVII века. На единственном корабле с небольшим количеством припасов отважные колонизаторы высаживаются на берег огромного острова, чтобы основать новое поселение. Теперь им предстоит победить голод, болезни, засуху и превратить свои владения в преуспевающие города и поселки. Интересно, что Anno 1701 стала самым высокобюджетным проектом от немецких разработчиков, ведь на игру было потрачено более 10 миллионов евро.

С полицией вы должны раскрывать преступления, пребывая на места происшествий, защищать важных городских граждан от гангстеров и ликвидировать мафиозные банды. Вы должны разыскивать и опрашивать свидетелей, а так же собирать информацию, и, наконец, добраться до мафии в результате своих острых как лезвие соображений. Когда же вы играете за мафию, стоит совсем иная задача: требуемые действия так же жёстки, но они направлены не только на самоутверждение, но и против полиции, и против других банд.

Однако, необходимо действовать осмотрительно: не нарушать тишины, чтобы прохожие не стали свидетелями ваших действий.
На выбор представлено две кампании: либо стать приближенным самого Аль Капоне, Фрэнком Нити, и получить власть над всем городом, либо принять сторону органов правопорядка в лице федерального агента Элиота Несса и очищать город от мафии, квартал за кварталом.